আলিপুর ইউনিয়নের মধ্য দিয়ে কোন নদী প্রবাহিত হয়নি। আগে কিছু নদী আলিপুর ইউনিয়নে ছিল কিন্তু সময়ের ব্যবধানে নদীগুলো ভরাট হয়ে খালে পরিনত হয়েয়ে এবং একটি নদী বিলীন হয়ে গিয়েছে। তবে এখনও আলিপুর ইউনিয়নের কয়েকটি জনগুরুত্বপূর্ন খাল রয়েছে।
১। বাকাল হতে ভাড়ুখালী খাল
২। গাংনিয়া সুড়িঘাটার খাল
৩। দঃ আলিপুর বিলের খাল
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস